Từ thời nhà Nguyễn đến trước Cách mạng tháng Tám, xã Đông Ninh thuộc tổng Thạch Khê, gồm các làng: Hữu Bộc, Vạn Lộc, Trường Xuân (Quan Đức), Hạc Thành, Thanh Huy, Cẩm Tú.[3].

Năm 1977, các xã hữu ngạn sông Chu thuộc huyện Thiệu Hóa sáp nhập với huyện Đông Sơn thành huyện Đông Thiệu, xã Đông Ninh thuộc huyện Đông Thiệu. Năm 1982 huyện Đông Thiệu đổi lại là huyện Đông Sơn, xã Đông Ninh lại thuộc huyện Đông Sơn.

Năm 1973, thôn Cẩm Tú thuộc xã Đông Ninh được cắt về xã Đông Hoàng.

Xã Đông Ninh ngày nay gồm các làng (thôn): Hữu Bộc, Vạn Lộc, Trường Xuân, Hạc Thành, Thanh Huy, Phú Bình, Phủ Trẩn, chia thành 12 thôn đặt tên từ thôn 1 đến thôn 12.